1940年8月1日，彭家元在成都四川大学化学馆参与了“水土保持”一词的创定。同年，在内江县城西郊圣水寺建立了内江土壤研究室，隶属四川省农业改进所农事试验总场。该室针对四川盆地紫色土易受侵蚀的特点，对不同坡度、坡长、坡形以及不同作物种植覆盖下的水土流失做了大量试验研究，并相应提出优化的水土保持方法。这些工作对四川水土保持事业起了奠基和开拓作用。四川许多土壤工作者在成长过程中，或在该研究室负过责，或在该研究室蹲过点，或在该研究室工作过。

       1946年秋，作为四川大学农学院院长的彭家元，在祝贺程复新、杨开渠、李超然三教授从事高等农业教育十周年的纪念专刊上以《农业、农学、农业教育》为题撰文，对国民政府的农业方针、政策、措施进行了抨击，他写道：“（政府的）重视农业只是表面文章，并未把农民的利益或生死存亡的事放在心上”，一针见血地指出农业存在的四大问题：“①农村凋敝，农民被剥削压榨，谁真的为农民解除痛苦？②无论平时或战时，出钱出力，直接或间接，几乎完全取之于农，政府拿出什么有力措施去改进农民生活和农业技术？③在抗日战争胜利以后，劳苦功高的农民不但没有稍微得到生活的改善，反而加上一些更重的痛苦，虽然政府举办有农贷，得到实惠的也许是有，恐怕不过万分之一，有些地方根本未听见过。④水旱灾、饥荒、兽疫、虫害，收成减少，靠天吃饭，谁替他们想办法？”在叙述了中国农业比美国落后约一百年之后，指出：“中国提倡农学已有近40年历史，至今仍不被重视，以为简单不足道，并且不相信科学……，例如天旱不求预防或根本解决之途，而一般却相信打醮、禁屠，甚至执政者亦附会其说。老百姓对于猪瘟、牛瘟、虫害等只好听天安命，认求神拜佛为不二法门，从未想到所谓农学。”最后，彭家元就当时我国高等农业教育的经费支绌、设备简陋、缺乏实习场地、毕业生数量既少就业又困难等问题发表了意见。这里，不仅反映了40年代的农业、农学、农业教育的实况，也反映了彭家元的忧国忧民之心及推崇从事农业教育的教授们的淡泊自守、苦心孤诣的崇高品格。40多年后的今天，读之犹感人肺腑。

       1948年，彭家元因不满四川省农业改进所所长漆中权的不学无术、专横跋扈，愤而辞去四川省农业改进所的一切职务，集中精力于农业教育。