1931年“九一八”事变时，葛正权正在美国求学。那时外国人在议论中国时局时，总是以讽刺的口吻说：中国人气量真大，一个星期就把东北三省送给了日本。在强烈的民族自尊心驱使下，葛正权在研究工作告一段落、取得博士学位后，谢绝一些国家物理学界的邀请，旋即回国实现其“教育救国”的夙愿。他回国后，于1933年受聘于武汉大学，任物理学教授5年。1938年日本侵略军的战火烧到了湖北。一次日本飞机轰炸武昌后，葛正权亲眼看到血淋淋的断肢残体溅贴在断垣残壁上，心痛如焚，深感民族存亡问题的重大，没有了祖国哪还谈得上“教育”、“救国”!于是毅然投笔从戎，奔赴抗日战争的第一线。

    当时武汉有一些苏联空军和我国自己的飞机。空战中战术优势在于取得更高的制空权。但高空飞行人员不可能在缺氧的状况下充分地发挥战斗力。那时我国没有自己的制氧工业，空军所需氧气不是远道外来，就是依赖国内两三家外商办的工厂临时供给，有时就因得不到及时供应，致使我空军受挫。葛正权认为，中国必需有自己的制氧厂，于是主动向政府提出制氧任务。航空委员会负责机械的钱昌祚说：“你来我们非常欢迎，但军饷有限，每月只有180元，比你300元大洋的教授工资低多了，军队工作艰苦而有危险……”。没等钱昌祚说完，葛正权毅然地说：“我是来参加抗日战争的，不是为了钱，在国家的生死关头只顾个人的安危、只求个人安逸是可耻的!”他因而脱下西装换上军装，就任航空委员会第一气体制造所所长。因战乱制氧设备不可能从国外进口，为了解决当务之急，他就把汉口外商所办氧气厂的全部设备买下，并在武汉失守前转运到衡阳，经湘桂铁路到桂林，再换大型卡车转运到贵阳，长途转运的艰难困苦一言难尽。日本飞机的空袭，使葛正权几次遇到生命危险。最危险的一次是，日机对贵阳城区狂轰滥炸，所住房屋的瓦片与玻璃片纷纷震落，他带着儿子躲避在一方桌下才幸免于难。更可幸的是，日机投在屋外墙边的一枚炸弹未被引爆。制氧设备被安装在贵阳城外三桥镇附近的葫芦山洞里。1939年5月正式开工制出了氧气，解决了空军高空作战用氧的难题。当时曾有外人愿出重金购氧，被他严辞拒绝。他继而制造出氢气、碳酸气等各类军需气体，又就地取材制造汽油、柴油、烧碱、飞机用漆等等当时当地极端缺乏的军需物资。就在各方面取得巨大成功的时候，他在家中墙上贴出一幅自己写的对联：“闲谈莫论人长短，做事岂能自居功”。他家中生活俭省，平时吃的青菜多放一点油，就感到美味可口了。葛正权就是这样兢兢业业、奉公守法、艰苦朴素，与全国人民同生死，共甘苦，在民族存亡的紧要关头竭尽全力，为抗日战争的胜利立下了汗马功劳。1945年日本侵略军无条件投降后，他奉命派技术员接管了全国各地日军和美军留下的氧气厂。贵阳的氧气厂移回汉口，改称航空委员会制氧总厂，其他各地接管的厂称为分厂。葛正权被委任为总厂厂长。